Zegar – element interfejsu umieszczony w lewym górnym rogu ekranu. Po raz pierwszy pojawia się podczas misji This is Your School. Każda minuta w świecie gry stanowi odpowiednik sekundy w świecie rzeczywistym. Zegar jest jednym z podstawowych narzędzi w grze, wpływa bowiem na harmonogram dnia postaci. Codziennie budzi się ona o godzinie 8.00 rano, o godzinie 9.00 zaczyna poranne zajęcia, zaś o godzinie 13.00 zajęcia popołudniowe, trwające do godziny 15.30. Jeżeli pomiędzy godzinami 9.00-11.30 i 13.00-15.30 Jimmy przebywa poza salą lekcyjną, jest ścigany przez prefektów lub policjantów za wagarowanie.
Pora nocna rozpoczyna się o godzinie 19.00. Chociaż w dalszym ciągu można wtedy dostać się do głównego budynku szkoły, jest on patrolowany przez nauczycieli i prefektów, którzy po złamaniu Jimmy’ego odeślą go do akademika za najście. O godzinie 23.00 rozpoczyna się „godzina policyjna” – zamykane zostają wtedy wszystkie sklepy, a policja rozpoczyna patrolowanie ulic. Jeżeli Jimmy przebywa poza akademikiem po godzinie policyjnej, jego wskaźnik kłopotów zawsze będzie miał kolor żółty, a po złapaniu przez prefektów lub policjantów zostanie odstawiony do swojego pokoju.
Jeżeli Jimmy nie znajdzie się w łóżku przed godziną 2.00 w nocy, automatycznie zasypia, budząc się następnego dnia o godzinie 8.00 przed drzwiami akademika. Jeżeli w momencie, kiedy na zegarze wybiła godzina 2.00, wykonywano zadanie, zostaje ono automatycznie niezaliczone.
Podczas całej gry zegar znika z ekranu zaledwie kilkakrotnie: podczas samouczka, podczas zadań Christmas is Here, The Tenements, Halloween, Complete Mayhem oraz w trakcie finałowych walk każdego rozdziału.